東京都が平成18年4月に策定した「医学系３研究所（神経研・精神研・臨床研）の統合整備基本構想」に基づき、平成21年4月に、当財団（財団法人東京都医学研究機構）の本部事務局が新宿都庁から、東京都臨床医学総合研究所が文京区本駒込から、上北沢に移転いたしました。平成23年度には府中の東京都神経科学総合研究所と、八幡山の東京都精神医学総合研究所が移転・統合する予定です。
　新しい地、上北沢で都民の皆様の医療・健康・福祉の向上に寄与するとともに、「未来の健康を守る」という使命を果たすべく、世界に誇れる医学総合研究所として、より大きく発展させていく所存です。地域の皆様のご支援とご協力を賜りますようよろしくお願い申 し上げます。 （2009年4月）

臨床研のウェブサイトをリニューアルしました。準備中の箇所がございますがご了承ください。順次更新いたします。（2009年7月）